Το Νησί παρέμεινε στρατηγική θέση μέχρι που στις αρχές του 19ου αιώνα η ανεξάρτητη Κρητική Πολιτεία το μετέτρεψε σε λεπροκομείο, με αποτέλεσμα να μετατραπεί -έως το 1956- σε μαύρη κουκίδα στο χάρτη - έναν τόπο εφιάλτικό, που όλοι ήθελαν να ξεχάσουν την ύπαρξή του. Σήμερα τραβάει και πάλι το ενδιαφέρον σε Έλληνες και ξένους επισκέπτες.
Η Σπιναλόγκα είναι ένα μικρό νησί που βρίσκεται στη βορειοανατολική ακτή της Κρήτης, στον κόλπο Μιραμπέλλου, πολύ κοντά στο βόρειο άκρο της ομώνυμης χερσονήσου στο νομό Λασιθίου.
Ένα μικρό αβαθές στενό χωρίζει το νησάκι από τη στεριά, ενώ σύμφωνα με τον Ενετό χαρτογράφο Κορονέλλι, η Σπιναλόγκα ήταν αρχικά ενωμένη με τη χερσόνησο Κολοκύθα και ήταν οι συμπατριώτες του αυτοί που το 1526 δημιούργησαν το άνοιγμα και κατ’ επέκταση το νησί.
Το νησί ονομαζόταν Καλυδών από την αρχαία εποχή.
Η ονομασία Σπιναλόγκα προέρχεται κατά μια άποψη από παραφθορά της φράσης 'στην Ελούντα' στα ενετικά. Πρώτη μορφή αυτής της ονομασίας βρίσκεται σε ένα βενετικό έγγραφο του 1381: 'Stinelonde'. Κατά μια άλλη εκδοχή, οι Ενετοί ονόμασαν το νησί 'Spina Lunga', δηλαδή 'μακρύ αγκάθι'.
Η Σπιναλόγκα δεν είχε μόνιμο πληθυσμό λόγω των συχνών επιδρομών, μέχρι που στο δεύτερο μισό του 15ου αιώνα οχυρώθηκε από τους Ενετούς, οι οποίοι ήθελαν να προστατέψουν τον κόλπο της Ελούντας, τις αλυκές που βρίσκονταν εκεί, αλλά και τον στόλο τους από τους Τούρκους και τους πειρατές.
Μετά την κατάληψη της Κρήτης το 1649 από τους Τούρκους, η Σπιναλόγκα συνέχισε για 65 χρόνια ακόμα (μέχρι το 1715) υπό τον έλεγχο των Ενετών, λόγω της ισχυρής της οχύρωσης. Το 1898 οι Τούρκοι εγκατέλειψαν την Κρήτη και λίγα χρόνια αργότερα, το 1904, η Κρητική Πολιτεία μετέτρεψε τον οικισμό που βρίσκεται στη δυτική ακτή της Σπιναλόγκα σε λεπροκομείο, το οποίο σταμάτησε να λειτουργεί το 1957.
Μετά το κλείσιμο του λεπροκομείου, το νησάκι εγκαταλείφθηκε για αρκετές δεκαετίες, μέχρι που το ενδιαφέρον των τουριστών έφερε την επισκευή και αναστήλωση των οχυρωματικών έργων, των δρόμων και των σπιτιών του μικρού οικισμού, ο οποίος σήμερα κατακλύζεται από χιλιάδες επισκέπτες από όλο τον κόσμο.
Η πρόσβαση είναι δυνατή με καραβάκια που φεύγουν από τον Άγιο Νικόλαο, την Ελούντα και την Πλάκα.